Впервые команда клуба «Мытищи» сыграла 20 лет назад 16 ноября во Второй лиге первенства страны по мини-футболу.
Заслуженный тренер России Михаил Бондарев привел мытищинцев к победе, первой для наших мини-футболистов, над дмитровским «Локомотивом». В первом сезоне клуб вошел в Первую лигу, а через год – в Высшую.
По результатам игр 2006-2007 годах года команда стала победителем Высшей лиги, попала в Суперлигу. Наилучшим итогом для клуба стало восьмое место на первенстве России 2008-2009 года. Семь сезонов «Мытищи» входили в топ-десять лучших клубов страны.
Летом 2015 года профессиональную команду расформировали, сейчас любительская команда «Мытищи» участвует в играх областного первенства.
